สมาคมแพทย์นิติเวชแห่งประเทศไทยเป็นองค์กรนิติบุคคลทางวิชาชีพโดยไม่แสวงหาผลกำไร ก่อตั้งขึ้นอย่างเป็นทางการโดยได้รับการจดทะเบียนเป็นสมาคมจากกระทรวงมหาดไทยเมื่อวันที่ 10 สิงหาคม 2550 รากฐานของการรวมกลุ่มกันในบรรดาแพทย์นิติเวชเริ่มตั้งแต่ครั้งร่วมก่อตั้งวิทยาลัยพยาธิแพทย์แห่งประเทศไทย(ปัจจุบันเป็นราชวิทยาลัย)ในสังกัดแพทยสภา แต่เนื่องจากองค์กรวิชาชีพดังกล่าวมีความหลากหลายของผู้ประกอบวิชาชีพ ได้แก่ พยาธิแพทย์ แพทย์ทางพยาธิวิทยาคลินิก และแพทย์นิติเวช ดังนั้นเพื่อให้การจัดกิจกรรมเป็นไปอย่างสะดวกและมีเอกลักษณ์ทางวิชาชีพมากขึ้น จึงได้มีการรวมกลุ่มกันเป็นชมรมแพทย์นิติเวชแห่งประเทศไทยขึ้นในปี 2545 

ชมรมแพทย์นิติเวชแห่งประเทศไทยเข้ามามีบทบาทในทางวิชาการแก่สังคมมากขึ้นนับตั้งแต่กรณีการตายปริศนาของคุณห้างทอง ธรรมวัฒนะ การประสานงานเพื่อให้แพทย์นิติเวชร่วมงานกับหน่วยราชการในการพิสูจน์เอลักษณ์บุคคลเหตุธรณีพิบัติ(สึนามิ) เมื่อปี 2547-2548 เป็นต้น ทำให้บรรดาสมาชิกชมรมต่างคิดว่าควรได้จัดการให้เป็นนิติบุคคลตามกฎหมายให้ชัดเจน จะได้ดำเนินการอย่างถูกต้อง โปร่งใส และชัดเจนยิ่งขึ้น

ชมรมจึงได้จัดกิจกรรมโบว์ลิ่งการกุศลรวบรวมเงินบริจาคได้เป็นกองทุนก่อตั้งสมาคมขึ้นและได้ดำเนินการจดทะเบียนจนแล้วเสร็จ โดยมีนายกสมาคม อุปนายกสมาคม และเลขาธิการสมาคมแรกก่อตั้งสืบเนื่องมาจากชมรมแพทย์นิตเวชแห่งประเทศไทย ได้แก่ นพ.สมชาย ผลเอี่ยมเอก, พล.ต.ท. นพ.เลี้ยง หุยประเสริฐ และพญ.สมบูรณ์ ธรรมเถกิงกิจ ตามลำดับ และยังคงจัดกิจกรรมทางวิชาการบริการสังคมเรื่อยมา ที่สำคัญคือ การออกวารสารสมาคมแพทย์นิติเวชแห่งประเทศไทย (วสพนท.) เพื่อรองรับ สนับสนุน และเผยแพร่การค้นคว้าวิจัยทางวิชาการแขนงนี้สู่สังคม